故事發(fā)生在日本的江戶時代,一名神秘的男子出現(xiàn)在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“紅櫻”,要求試刀,這個夜晚之后,桂便下落不明。桂的寵物伊麗莎白(高松信司 配音)找到萬事屋的神樂(釘宮理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他們尋找主人的下落。同時,銀時(杉田智和)也受到委托,尋找四處作惡的紅櫻的下落。三人的線索匯聚到了一艘空中飛艇上,由于遠離警察的管轄范圍,飛艇里的惡勢力一手遮天。在那里,銀時遇見了曾經(jīng)的戰(zhàn)友現(xiàn)在的對手高杉晉助(子安武人 配音),高杉正帶領(lǐng)著自己的鬼兵隊企圖毀滅江戶。一面是窮兇極惡的恐怖分子,一邊是暴虐嗜血的妖刀紅櫻,身受重傷的銀時能夠平安脫險拯救江戶嗎? 此次劇場版重制了《銀魂》動畫中的《紅櫻篇》,其中,在原作中未出場的真選組也將在故事中大顯身手。